Vyučují se obory všech základních dechových nástrojů, ve vyšších ročnících některé příbuzné nástroje.
Vyučované obory se dle charakteru nástroje dělí do dvou hlavních složek:
DŘEVĚNÉ DECHOVÉ
Hra na zobcovou flétnu
Hra na příčnou flétnu
Hra na barokní příčnou flétnu
Hra na hoboj
Hra na klarinet
Hra na saxofon
Hra na fagot
ŽESŤOVÉ
Hra na trumpetu
Hra na lesní roh
Hra na pozoun
Výuka probíhá individuálně 2 - 3 hodiny týdně. Studium je šestileté , po čtvrtém ročníku studenti skládají maturitní zkoušku a v šestém završují studium absolutoriem, a získávají titul DiS. Důležitou součástí výuky je studium orchestrálních partů, komorní hra a od 2. ročníku hra v orchestru.
Důležitou součásti studia, vedle hlavních oborů, je aktivní účast hry v různých komorních uskupeních. Studenti dechového oddělení mají také řadu příležitostí k sólovým výstupům.
Jako absolventi pak buď obstojí při konkurzech do orchestrů nejrůznějšího zaměření, nebo se dokáží kvalifikovat jako učitelé ZUŠ a prohlubovat tak tradici hry na dechové nástroje. Ve většině případů však naši absolventi pokračují studiem na uměleckých vysokých školách.
Nástrojové vybavení
Církevní konzervatoř disponuje několika barokními nástroji. V roce 2010 byly zakoupeny dvě barokní flétny - zobcová a příčná. Nástroje vyrobila německá firma Kobliczek Musikinstrumentenbau z Taunussteinu. Zobcová flétna je vyrobena podle barokní předlohy z roku 1717, jejímž autorem je Giovanni Maria Anciuti. Flétna je ze zimostrázu a je laděna na 415 Hz. Předlohou pro příčnou flétnu je nástroj, který postavil Carlo Palanca (cca. 1690-1783). Tento turínský hudebník a stavitel hudebních nástrojů je znám především svými hoboji a fagoty.